JZUS - Journal of Zhejiang University SCIENCE

Journal of Zhejiang University SCIENCE B

ISSN 1673-1581(Print), 1862-1783(Online), Monthly

2014 Vol.15 No.4 P.303-408

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Articles

Development of genic SSR markers from transcriptome sequencing of pear buds

Xiao-yan Yue, Guo-qin Liu, Yu Zong, Yuan-wen Teng, Dan-ying Cai

DOI: 10.1631/jzus.B1300240 Downloaded: 4330 Clicked: 7571 Cited: 10 Commented: 0(p.303-312) <Full Text><PPT> 2147

Chinese summary <40> 基于“酥梨”芽转录组的简单序列重复（SSR）标记开发

研究目的：基于转录组数据开发具有扩增率高和跨物种转移性的基因组编码区内的SSR（genic-SSR）标记，为梨属植物的分子系统发育关系和遗传多样性相关研究提供新的方法。
创新要点：首次利用梨属植物的转录组测序（RNA-seq）数据结合M-13荧光尾巴高效率地开发了104个genic-SSR标记，并成功将其应用于梨属植物的系统发育关系研究中。
研究方法：应用生物信息学软件从转录组测序数据中搜索SSR位点和设计相应引物，结合高效的M-13荧光尾巴的方法筛选多态性高的SSR标记。
重要结论：转录组数据能够为梨属植物分子系统发育关系和遗传多样性研究提供新的SSR标记来源。

关键词组：简单序列重复（SSR）标记；转录组；遗传多样性；梨属

Aroma changes of black tea prepared from methyl jasmonate treated tea plants

Jiang Shi, Li Wang, Cheng-ying Ma, Hai-peng Lv, Zong-mao Chen, Zhi Lin

DOI: 10.1631/jzus.B1300238 Downloaded: 4280 Clicked: 8723 Cited: 9 Commented: 0(p.313-321) <Full Text><PPT> 2214

Chinese summary <37> 茉莉酸甲酯诱导茶鲜叶制成的红茶中香气成分变化

研究目的：为茉莉酸甲酯诱导来提高茶叶香气品质提供理论依据，为新型花香红茶的研制提供技术支持。
创新要点：首次将茉莉酸甲酯应用于诱导茶叶香气品质提高，初步验证了茶叶香气品质提高的本质原因：相关酶活性提高，基因表达上调。
研究方法：采用顶空固相微萃取法（HS-SPME）对红茶香气进行富集，气相色谱-质谱联用仪（GC-MS）进行解吸附分析，实时定量多聚酶链式反应（qRT-PCR）分析茶鲜叶中香气相关酶基因表达。
重要结论：茉莉酸甲酯诱导后的茶鲜叶中多酚氧化酶（PPO）活性上升，β-葡萄糖苷酶活性下降；PPO和β-樱草糖苷酶基因表达上调，β-葡萄糖苷酶基因表达下调。茉莉酸甲酯诱导后的茶鲜叶能明显提高由其制成的红茶香气品质，且萜烯醇类和萜烯类含量明显提高。

关键词组：红茶；香气；茉莉酸甲酯；顶空固相微萃取（HS-SPME）

Soil bacterial and fungal community successions under the stress of chlorpyrifos application and molecular characterization of chlorpyrifos-degrading isolates using ERIC-PCR

Lie-zhong Chen, Yan-li Li, Yun-long Yu

DOI: 10.1631/jzus.B1300175 Downloaded: 3875 Clicked: 10423 Cited: 8 Commented: 0(p.322-332) <Full Text><PPT> 2431

Chinese summary <30> 毒死蜱胁迫下土壤细菌和真菌群落演替及其降解菌群的分子鉴定

研究目的：评价毒死蜱施用后对土壤细菌和真菌群落结构的影响，并对降解功能菌株进行分析。
创新要点：通过聚合酶链式反应–变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）方法，揭示了毒死蜱施用后土壤细菌和真菌群落结构动态变化，并对试验土壤中的降解菌群进行分子鉴定。
研究方法：将农田土壤用终质量分数5 mg/kg和20 mg/kg毒死蜱处理，同时以不施用毒死蜱为对照，定期采集土样进行毒死蜱残留测定并提取土壤DNA。将提取的土壤总DNA作为PCR反应模板，细菌群落结构分析采用对大多数细菌16S rRNA基因V3区具有特异性的引物GC-341F和517R，真菌群落结构分析采用ITS区特异引物对GC-ITS1f和ITS2f。DGGE图谱经Quantity One软件进行数字化分析，各泳道中的条带经标准化处理之后，条带的相对光密度构成一个矩阵，用Matlab软件进行主成分分析（PCA），用Dice法计算相似性指数CS，用MEGA 4.1软件构建系统发育树，进行聚类分析。之后，采用LB、察氏和高氏三种培养基结合的纯培养分离方法，从毒死蜱处理土样中分离具有降解功能的菌株。分别提取纯培养物的染色体DNA，利用ERIC-PCR对分离到的降解菌进行基因组指纹图谱分析，将典型肠杆菌基因间的重复共有序列–聚合酶链式反应（ERIC-PCR）指纹图谱类型的代表菌株进行16S rRNA基因（细菌和放线菌）或ITS区（真菌）扩增并测序，测序结果提交GenBank基因库，并进行BLAST比对，初步确定降解菌株的分子地位。
重要结论：本实验条件下，毒死蜱降解符合一级动力学，5 mg/kg和20 mg/kg毒死蜱浓度下的降解方程分别为y=5.252e^−0.09x和y=19.41e^−0.08x。DGGE指纹图谱显示，毒死蜱施用后土壤真菌群落结构与对照相比发生很大改变，且毒死蜱处理样品真菌群落结构保持基本稳定，多样性指数明显提高（见图2b）；主成分分析显示，毒死蜱处理样品与对照明显分在2个不同的区域，充分表明毒死蜱对土壤真菌群落结构影响迅速且持久（见图3b）。毒死蜱处理样品细菌群落结构只在试验前30天与对照相比明显不同，60天时已经恢复对照水平（见图2a），同时主成分分析图上，毒死蜱处理样品与对照也越来越靠近，最后聚在一起（见图3a），说明毒死蜱对土壤细菌群落结构影响短暂。最后，获得了9个典型的ERIC型毒死蜱降解菌株。

关键词组：变性梯度凝胶电泳（DGGE）；细菌群落结构；真菌群落结构；毒死蜱降解菌群；ERIC-PCR

Optimization of the quenching method for metabolomics analysis of Lactobacillus bulgaricus

Ming-ming Chen, Ai-li Li, Mao-cheng Sun, Zhen Feng, Xiang-chen Meng, Ying Wang

DOI: 10.1631/jzus.B1300149 Downloaded: 3951 Clicked: 9263 Cited: 5 Commented: 0(p.333-342) <Full Text><PPT> 2199

Chinese summary <34> 保加利亚乳杆菌代谢组学中淬灭方法的优化研究

研究目的：为保加利亚乳杆菌的代谢组学研究提供一种简单有效的淬灭方案。
创新要点：采用适当的淬灭技术是获得微生物真实代谢物组数据的必要条件。本研究首次建立了适用于保加利亚乳杆菌代谢组学研究的淬灭方法，有助于完善乳酸菌代谢的生理学和遗传学概貌。
研究方法：分别应用−40 °C的60%甲醇/水、80%甲醇/水和80%甲醇/甘油三种方式淬灭保加利亚乳杆菌。利用光密度（OD）回收率实验、流式细胞术和气质联用（GC-MS）分析菌体细胞完整性和细胞内外代谢物，以及主成分分析法（PCA）和正交偏最小二乘法-判别分析法（OPLS-DA）分析代谢物泄露程度。
重要结论：80%冷甲醇/水更适用于淬灭保加利亚乳杆菌，能有效减少代谢物泄露程度和增加胞内代谢物水平。

关键词组：代谢组学；淬灭处理；保加利亚乳杆菌；泄露

Enhanced production of thermostable laccases from a native strain of Pycnoporus sanguineus using central composite design

Leticia I. Ram�rez-Cavazos, Charles Junghanns, Rakesh Nair, Diana L. C�rdenas-Ch�vez, Carlos Hern�ndez-Luna, Spiros N. Agathos, Roberto Parra

DOI: 10.1631/jzus.B1300246 Downloaded: 3880 Clicked: 10471 Cited: 17 Commented: 0(p.343-352) <Full Text><PPT> 2305

Chinese summary <35> 中心组合设计方法提高血红密孔菌（Pycnoporus sanguineus）耐热漆酶的产量

研究目的：优化获得血红密孔菌（P. sanguineus）的最佳培养基组成，提高耐热漆酶的产量。
创新要点：获得了目前文献报道的最高水平的漆酶活力。
研究方法：通过单因素试验研究了不同培养基（番茄汁、麦麸、麦芽提取物和葡萄糖细菌蛋白胨培养基）和不同组合诱导剂（大豆油、阿魏酸、没食子酸、二甲基苯胺、酸性蓝62和活性蓝19分别与硫酸铜组合诱导剂）对P. sanguineus产耐热漆酶的影响。在此基础上采用中心组合试验设计，进一步研究了番茄汁培养基结合硫酸铜和大豆油组合诱导剂对P. sanguineus产耐热漆酶的影响。利用SAS10.0和响应面分析方法对试验结果进行了统计分析和建立回归模型。
重要结论：通过中心组合设计优化得出P. sanguineus产耐热漆酶的最优培养基条件：以36.8%番茄汁为培养基，以3 mmol/L硫酸铜和1%大豆油作为组合诱导剂。该条件下在10 L搅拌槽生物反应器中漆酶活力达到了143000 IU/L（2,2'-联氮双(3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸)为底物，pH值为3.0）。

关键词组：漆酶产量；中心组合设计；培养基筛选；诱导剂；番茄汁；大豆油；硫酸铜

Influence of bulking agents on CH₄, N₂O, and NH₃ emissions during rapid composting of pig manure from the Chinese Ganqinfen system

Xiang-ping Sun, Peng Lu, Tao Jiang, Frank Schuchardt, Guo-xue Li

DOI: 10.1631/jzus.B13a0271 Downloaded: 3237 Clicked: 6149 Cited: 10 Commented: 0(p.353-364) <Full Text>

Chinese summary <27> “干清粪”系统猪粪快速堆肥过程中添加剂对甲烷、氧化亚氮和氨气排放的影响

研究目的：在“干清粪”系统猪粪堆肥过程中，不同添加剂（玉米秸秆、锯末和蘑菇渣）处理对甲烷、氧化亚氮和氨气排放的影响。
创新要点：将不同的添加剂（玉米秸秆、锯末和蘑菇渣）应用到快速堆肥系统中进行堆肥，测定了猪粪堆肥过程中甲烷、氧化亚氮和氨气的排放规律，为国内猪粪堆肥的应用提供理论指导。
重要结论：玉米秸秆作为添加剂能增加猪粪堆肥过程中氧化亚氮的排放；蘑菇渣添加剂增加了堆肥过程中甲烷的排放，然而减少了氧化亚氮及氨气的排放；锯末处理能增加堆肥过程中氨气的排放。添加剂能显著影响堆肥过程中氮素的损失。

关键词组：有机废弃物；堆肥；添加剂；气体排放；猪粪

Improved yield and Zn accumulation for rice grain by Zn fertilization and optimized water management

Yu-yan Wang, Yan-yan Wei, Lan-xue Dong, Ling-li Lu, Ying Feng, Jie Zhang, Feng-shan Pan, Xiao-e Yang

DOI: 10.1631/jzus.B1300263 Downloaded: 3813 Clicked: 7364 Cited: 7 Commented: 0(p.365-374) <Full Text><PPT> 2271

Chinese summary <36> 通过锌肥和适宜的水分管理提高水稻籽粒产量及锌积累量

研究目的：在生产高度集约化体系下，研究节水灌溉措施及锌肥对水稻产量及锌积累量的影响。
创新要点：目前关于干湿交替能否对水稻增产仍存在争议，对锌含量及生物有效性也鲜有报道。因此，针对这些问题，本文系统地研究影响水稻产量及品质的两大限制性因素，即锌肥和灌溉方式对稻米锌生物有效性的影响。
研究方法：采用盆钵试验模拟大田锌肥及水分管理方式，两种基因型、两种锌肥种类、两种水分管理，三个重复控制误差。利用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）测定微量元素锌含量，以精米中植酸含量表征锌生物有效性。
重要结论：干湿交替在增加了稻米产量、锌含量及积累量方面效果显著。干湿交替结合土施硫酸锌肥可以作为水稻生产体系中获得高产、高锌、高生物有效性的农艺措施。

关键词组：水稻；干湿交替；施肥；锌

Analyzing and modeling rheological behavior of liver fibrosis in rats using shear viscoelastic moduli

Ying Zhu, Yi Zheng, Yuan-yuan Shen, Xin Chen, Xin-yu Zhang, Hao-ming Lin, Yan-rong Guo, Tian-fu Wang, Si-ping Chen

DOI: 10.1631/jzus.B1300121 Downloaded: 3767 Clicked: 8709 Cited: 4 Commented: 0(p.375-381) <Full Text><PPT> 2542

Chinese summary <31> 利用剪切黏弹性模量对大鼠肝纤维化流变特性进行分析和建模

研究目的：肝脏的纤维化进程改变肝脏组织的流变属性。
创新要点：本文利用剪切黏弹性模量描绘并比较了大鼠肝脏F0期到F4期的纤维化过程。
研究方法：两个黏弹性模型，即Zener模型和Voigt模型用于解释流变力学测试得到的实验数据，由此得到每个纤维化分期的肝脏弹性和黏性值。
重要结论：肝脏中度纤维化（≤F2期）与黏弹性值密切相关。Zener模型的弹性均值E1从F0期的(0.452±0.094) kPa增加到F2期的(1.311±0.717) kPa，而Voigt模型的弹性均值E从F0期的(0.618±0.089) kPa增加到 F2期的(1.701±0.844) kPa。Zener模型的黏性均值从F0期的(3.499±0.186) Pa•s 增加到F2期的(4.947±1.811) Pa•s，而Voigt模型的黏性均值从F0期的(3.379±0.316) Pa•s 增加到F2期的(4.625±1.296) Pa•s。无论选用哪个黏弹性模型，在F1期和F2期，肝脏弹性值的标准差比黏性值的标准差变化要小。因此，测得的弹性比黏性更有效地区分肝纤维化F0期到F2期。

关键词组：生物力学；流变属性；肝纤维化；黏弹性；剪切模量；弹性；黏性；Zener模型；Voigt模型

Delivering MC3T3-E1 cells into injectable calcium phosphate cement through alginate-chitosan microcapsules for bone tissue engineering

Peng-yan Qiao, Fang-fang Li, Li-min Dong, Tao Xu, Qiu-fei Xie

DOI: 10.1631/jzus.B1300132 Downloaded: 4304 Clicked: 10564 Cited: 5 Commented: 0(p.382-392) <Full Text><PPT> 2555

Chinese summary <32> 海藻酸钠-壳聚糖微囊化成骨细胞复合磷酸钙骨水泥的体外研究

研究目的：本研究应用海藻酸钠-壳聚糖微囊保护成骨细胞，接种到β-磷酸三钙/磷酸钙骨水泥（β-TCP/CPC）浆料中，使β-TCP/CPC骨修复材料具有一定的细胞活性，同时提高固化后材料的孔隙率和孔径，以最终实现提高β-TCP/CPC 骨水泥的降解速度，加快成骨和骨修复。
创新要点：本研究首次应用海藻酸钠-壳聚糖微胶囊包封成骨细胞与CPC浆料复合，复合后实现自动细胞释放，释放出的细胞具有良好的生物学活性。
研究方法：（1）高压静电成囊法制备载小鼠成骨前体细胞（MC3T3-E1）的海藻酸钙和海藻酸钠-壳聚糖微胶囊；（2）微囊化MC3T3-E1细胞，进行体外培养，使用细胞计数试剂盒（CCK-8）检测细胞活性，并用钙黄绿素-AM（Calcein-AM）和碘化丙啶（PI）进行活死细胞双重染色；（3）微囊化MC3T3-E1细胞与β-TCP/CPC浆料复合培养后，激光共聚焦扫描显微镜和环境扫描电子显微镜观测细胞在材料上的释放、粘附，CCK-8法检测材料上细胞的活力，碱性磷酸酶（ALP）检测观察细胞的分化状况，茜素红染色观察释放细胞的矿化能力。
重要结论：海藻酸钠-壳聚糖微胶囊可作为可注射磷酸钙骨水泥内部接种成骨细胞并实现细胞释放的良好载体，释放出的成骨细胞具有良好的生物学活性。

关键词组：可注射支架；磷酸钙骨水泥；成骨细胞；微囊化；细胞释放；壳聚糖

A feasibility study of applying cone-beam computed tomography to observe dimensional changes in human alveolar bone

Bei Li, Yao Wang, Jun Li

DOI: 10.1631/jzus.B1300249 Downloaded: 3199 Clicked: 7222 Cited: 2 Commented: 1(p.393-398) <Full Text><PPT> 2165

Chinese summary <31> 锥形束计算机断层摄影定位观察人类拔牙后牙槽突外形变化规律的可行性研究

研究目的：探讨同一患者不同时期所拍的锥形束计算机断层摄影（CBCT）是否因每次拍摄时投照角度不可能完全一致而影响数据测量的准确性。
创新要点：提出了一种人类后牙拔除后观察牙槽突外形变化的准确、无创、科学的定位方法。
研究方法：选择首都医科大学附属北京口腔医院种植中心60名患者两份于上颌后牙种植前后拍摄的CBCT影像资料。以磨牙根分叉区三个牙根开始分开处（图像上显示为三根恰好融合的点）为基准点定位两次CBCT的起始水平断层。在第一次CBCT的起始水平断层上，连线牙列远端磨牙参照点即矢状断层起点与近端双尖牙的髓室中心进行矢状断层重建。若实验牙为第一磨牙，找到通过其腭根髓室中心的矢状断层；若实验牙为第二双尖牙，找到通过其髓室中心的矢状断层。记录由矢状断层起点到实验牙移动的层数N，在水平断层上测量实验牙牙槽骨宽度，在实验牙髓室中心的矢状断层上测量牙全长。在第二次CBCT中依据第一次记录的移动层数N定位矢状断层，在定位后的矢状断层上测量实验牙全长，在水平断层的相应定位处测量牙槽骨宽度。
重要结论：利用本研究提出的定位方法可以精准定位同一患者不同CBCT 影像资料中的同一断层，从而实现拔牙位点动态连续观察。

关键词组：锥形束计算机断层摄影（CBCT）；牙槽突改建；拔牙位点

Letters

Effects of EDTA irrigation and water storage on the bonding durability of different adhesive resin cements to intra-radicular dentin

Cai-yun Mao, Jia-jia Zhao, Wei Wang, Xin-hua Gu

DOI: 10.1631/jzus.B1300227 Downloaded: 3078 Clicked: 6661 Cited: 0 Commented: 0(p.399-404) <Full Text><PPT> 2163

Chinese summary <34> 乙二胺四乙酸处理和水储存对不同树脂粘结剂与根管牙本质间粘结耐久性的影响

本文概要：树脂粘结材料已广泛应用于临床，但其粘结耐久性仍不尽人意，导致牙本质粘结修复体远期存在继发龋、脱落率高等问题，成为目前亟需解决的关键问题。本文通过探讨不同树脂粘结剂（Supper Bond C & B、Panavia F和RelyX Unicem）与根管牙本质间粘结耐久性的差异，以及乙二胺四乙酸（EDTA）处理对不同树脂粘结剂粘结耐久性的影响，发现EDTA处理可以提高树脂粘结剂与根管牙本质间的粘结强度和粘结耐久性，从而可以提高修复体的远期粘结效果。另外，水储存可造成树脂粘结剂与根管牙本质间粘结强度下降。

关键词组：水储存；乙二胺四乙酸；树脂粘结剂；粘结耐久性

Phenolic contents and antioxidant capacities of Thai-Makham Pom (Phyllanthus emblica L.) aqueous extracts

Sitthichai Iamsaard, Supatcharee Arun, Jaturon Burawat, Wannisa Sukhorum, Jintanaporn Wattanathorn, Somsak Nualkaew, Bungorn Sripanidkulchai

DOI: 10.1631/jzus.B1300284 Downloaded: 3459 Clicked: 7633 Cited: 9 Commented: 0(p.405-408) <Full Text><PPT> 2118

Chinese summary <40> 泰国余甘子水提物中总酚含量及抗氧化活性

本文概要：通过对余甘子不同部位（叶、枝和树皮）水提物的总酚含量的测定及体外抗氧化活性的研究，为其体内及临床试验研究奠定了基础。余甘子叶、枝和树皮的水提物皆具有抗氧化活性，其中树皮中的总酚含量最高，抗氧化活性最强。

关键词组：余甘子；总酚含量；抗氧化能力；传统药用植物

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