Journal of Zhejiang University

Current Issue: <JZUS-B>

Journal of Zhejiang University-SCIENCE B (Biomedicine & Biotechnology)

ISSNs 1673-1581 (Print); 1862-1783 (Online); CN 33-1356/Q; started in 2005, Monthly.

JZUS-B is an international "Biomedicine & Biotechnology" reviewed-Journal indexed by SCI-E, MEDLINE, PMC, BA, BIOSIS Previews, JST, ZR, CA, SA, AJ, ZM, CABI, CSA, etc., and supported by the National Natural Science Foundation of China. It mainly covers research in Biomedicine, Biochemistry and Biotechnology, etc.

Impact factor: 1.099 (2011), 1.108 (2012), 1.293 (2013), 1.278 (2014), 1.303 (2015), 1.676 (2016), 1.815 (2017), 1.879 (2018), 2.082 (2019), 3.066 (2020), 5.552 (2021).

Journal of Zhejiang University SCIENCE B

ISSN 1673-1581(Print), 1862-1783(Online), Monthly

2025 Vol.26 No.5 P.409-502

CONTENTS

Reviews

Review: Recent advances in antibody optimization based on deep learning methods

Ruofan JIN, Ruhong ZHOU, Dong ZHANG

DOI: 10.1631/jzus.B2400387 Downloaded: 452 Clicked: 383 Cited: 0 Commented: 0(p.409-420) <Full Text> <PPT > 41

Chinese summary <18> 基于深度学习方法的抗体优化研究进展

金若凡¹，周如鸿^1,2，张冬¹
¹浙江大学生命科学学院定量生物中心，中国杭州市， 310058
²浙江大学医学院附属第一医院肝胆胰外科，中国杭州市， 310058
摘要：当前，抗体已成为多种疾病治疗的重要工具，快速高效地优化其理化性质是抗体药物开发过程中的关键环节。随着人工智能技术发展，特别是深度学习方法在生物学领域中取得的显著突破，各类计算方法被广泛应用于抗体优化环节中，以降低开发成本并提升抗体优化的成功率。本文对近年来基于深度学习的抗体优化策略进行综述，重点探讨了深度学习模型构建中关键的数据集资源及算法输入的数据类型；分析了当前深度学习算法在抗体优化应用中所面临的主要挑战；展望了未来通用型深度学习算法在该领域的发展方向及潜在的解决策略。

关键词组：深度学习；抗体优化；可及数据；输入数据类型

Review: Treatment of large bone defects in load-bearing bone: traditional and novel bone grafts

Dan YU, Wenyi SHEN, Jiahui DAI, Huiyong ZHU

DOI: 10.1631/jzus.B2300669 Downloaded: 1381 Clicked: 1412 Cited: 0 Commented: 0(p.421-447) <Full Text> <PPT > 48

Chinese summary <18> 承重骨大段骨缺损的治疗：传统与新型骨移植材料

余丹^1,2，沈文怡^1,2，戴家慧^1,2，朱慧勇^1,2
¹浙江大学医学院第一附属医院口腔颌面外科，中国杭州市， 310003
²浙江大学医学院口腔医学系，中国杭州市， 310058
摘要：因严重创伤、肿瘤、囊肿以及广泛感染等原因造成的承重骨缺损是临床上常见的疾病。尽管骨具有自我修复和再生的潜能，但超过临界尺寸的大段骨缺损的修复仍是极大的临床挑战。传统的修复方法是使用自体骨或同种异体骨移植替代缺损部位缺失的骨组织，其中自体骨移植至今仍然是临床治疗的"金标准"。然而，传统骨移植材料的应用受到可获取骨量、供区并发症和免疫排斥等缺点的限制。近年来，临床对骨移植替代物的需求推动了新型骨移植材料的发展。除关注骨传导性和骨诱导性外，力学性能的优化是近年来增强新型骨移植材料治疗承重骨缺损可行性的重点。但大多数生物材料支架尚不能提供足够的力学强度。目前研究面临的核心挑战在于如何在机械需求和组织再生需求间找到适当的平衡。本文就传统和新型骨移植材料在承重骨缺损中的应用及其优缺点进行综述，并重点介绍了基于材料、结构和功能仿生的新型骨移植物发展策略，以期为未来的研究提供新的思路和方向。

关键词组：骨移植；骨支架；生物材料；承重骨缺损；骨整合；骨传导性

Review: Epidemiology and pathogenesis of the link between rheumatoid arthritis and periodontitis

Huiya FANG, Jin LIN, Yiwu QIU, Zijian CHENG, Weiqian CHEN

DOI: 10.1631/jzus.B2300519 Downloaded: 1215 Clicked: 1448 Cited: 0 Commented: 0(p.448-460) <Full Text> <PPT > 31

Chinese summary <16> 类风湿关节炎与牙周炎在流行病学及发病机制上的关联

方惠雅¹，林进¹，邱一吾²，程子健³，陈伟钱¹
¹浙江大学医学院附属第一医院风湿免疫科，中国杭州市，310003
²浙江中医药大学基础医学院，中国杭州市，310053
³浙江大学医学院附属口腔医院，浙江省口腔疾病临床研究中心，浙江省口腔生物医学研究重点实验室，浙江大学癌症研究院，中国杭州市 310000
摘要：类风湿关节炎（rheumatoid arthritis，RA）是一种以慢性滑膜炎为特征的自身免疫性疾病，分为抗瓜氨酸蛋白抗体（ACPA）阳性/阴性两种亚型。目前对ACPA阳性RA致病机制已有充分了解，但对ACPA阴性RA病因学的研究仍较为有限。RA和牙周炎（periodontitis，PD）间的关联自20世纪初被发现，他们具有共同的遗传和环境风险因素，可导致骨骼和结缔组织的进行性破坏。然而，RA两种亚型与PD间可能存在不同的联系。本文旨在通过对RA与PD间在流行病学关联上最新的研究结果进行综述，并探讨两种疾病间潜在的致病机制，同时强调RA两种亚型间的关键区别及其与PD的相关性。此外，本文提出早期干预或治疗这两种疾病的可能性，以期为该领域未来研究和临床工作提供有效见解。

关键词组：类风湿关节炎；牙周炎；发病机制；瓜氨酸化；抗瓜氨酸蛋白抗体

Research Articles

Pharmacological inhibition of ENaC or NCX can attenuate hepatic ischemia-reperfusion injury exacerbated by hypernatremia

Yabin CHEN, Hao LI, Peihao WEN, Jiakai ZHANG, Zhihui WANG, Shengli CAO, Wenzhi GUO

DOI: 10.1631/jzus.B2300825 Downloaded: 919 Clicked: 1401 Cited: 0 Commented: 0(p.461-476) <Full Text> <PPT > 47

Chinese summary <17> 药物抑制ENaC或NCX可减轻高钠血症加重的肝脏缺血再灌注损伤

陈亚斌¹，李豪²，温培豪¹，张嘉凯¹，王智慧¹，曹胜利¹，郭文治¹
¹郑州大学第一附属医院肝胆胰外科，中国郑州市，450052
²河南省器官移植中心，中国郑州市，450052
摘要：血清钠离子浓度>155 mmol/L的供体是肝移植（LT）的扩展标准供体。供体血钠升高将导致肝移植术后早期肝功能不良的发生率增加，但其确切机制尚未见报道。本研究建立了70%肝脏缺血再灌注（I/R）的Lewis大鼠高钠血症模型和高钠（HS）培养基预处理的BRL-3A细胞缺氧复氧（H/R）模型。为了确定损伤程度，本研究进行了生物化学分析、组织学分析以及氧化应激和细胞凋亡指标的检测。本研究应用上皮钠离子通道（ENaC）和Na⁺/Ca²⁺交换体（NCX）的特异性抑制剂，在体内和体外实验中验证二者在损伤中的作用。HS+I/R组血清丙氨酸氨基转移酶（ALT）、天门冬氨酸氨基转移酶（AST）、乳酸脱氢酶（LDH）水平和肝脏坏死面积均显著升高，活性氧（ROS）生成增多，MPO阳性细胞增多，细胞凋亡加重。与H/R组相比，HS+H/R组BRL-3A细胞凋亡和ROS产生显著增加。应用ENaC的特异性抑制剂阿米洛利（amiloride），在体内和体外均可减轻HS加重的缺血再灌注损伤，具体表现为血清转氨酶、炎性细胞因子、细胞凋亡和氧化应激的降低。NCX的特异性抑制剂SN-6也有类似的作用。综上所述，高钠血症加重肝脏缺血再灌注损伤，但可以通过药物抑制ENaC或NCX来减轻这种损伤作用。

关键词组：肝脏移植；上皮钠离子通道（ENaC）；钠离子/钙离子交换体（NCX）；高钠血症

Metagenomics reveals an increased proportion of an Escherichia coli-dominated enterotype in elderly Chinese people

Jinyou LI, Yue WU, Yichen YANG, Lufang CHEN, Caihong HE, Shixian ZHOU, Shunmei HUANG, Xia ZHANG, Yuming WANG, Qifeng GUI, Haifeng LU, Qin ZHANG, Yunmei YANG

DOI: 10.1631/jzus.B2400341 Downloaded: 680 Clicked: 707 Cited: 0 Commented: 0(p.477-492) <Full Text> <PPT > 44

Chinese summary <16> 宏基因组学分析显示大肠杆菌主导的肠型在中国老年人群中比例增加

李金优¹，吴月¹，杨一晨¹，陈路芳¹，何彩虹¹，周石仙¹，黄顺梅¹，张霞¹，王玉茗¹，归崎峰¹，鲁海峰²，张勤¹，杨云梅¹
¹浙江大学医学院附属第一医院，浙江省理化与增龄损伤性疾病诊治研究重点实验室，中国杭州市，310003
²浙江大学医学院附属第一医院，传染病重症诊治全国重点实验室，中国杭州市，310003
摘要：随着宿主衰老过程中生理环境的衰退，肠道微生态可能发生重塑，但目前对中国高龄人群整体的肠道菌群变异情况的了解尚且有限。为了解析高龄人群肠道微生物组特征，并揭示肠型变异的相关影响因素，本研究采用宏基因组学方法，对367名60至94岁中国老年人进行肠型分析。除了拟杆菌（ET-Bacteroides）和普雷沃氏菌（ET-Prevotella）这两种主导的成人常见肠型外，本研究新发现一种肠杆菌肠型（ET-Escherichia），且其流行率在高龄人群中增加。本研究数据表明，相比2型糖尿病或饮食等已知因素，年龄更能解释肠道菌群的变异。此外，本研究解析了ET-Escherichia肠型独特的分类和功能特征，并发现该肠型具有最低的物种多样性，但最强的微生物共现网络凝聚力和最高的鲁棒性。通过进一步相关性分析发现，大肠埃希菌属细菌的过度增殖与高龄、蔬菜及水果摄入量等因素显著相关。本研究聚焦于中国非健康长寿老人的肠型特征分析，重点阐述了以大肠杆菌富集为主要特征的高龄老人肠型。这些发现为揭示肠道菌群随年龄的变化规律提供了新视角，并强调了基于微生物组特征对老年人群进行分层的重要性。

关键词组：肠道菌群；衰老；老年人群；肠杆菌肠型；肠型；大肠杆菌

Correspondence

Correspondence: Unmet needs of patients with intravascular large B-cell lymphoma: three case reports and a literature review

Xian LI, Ru LUO, Jiaming XU, Xueli JIN, Weiqin WANG, Xibin XIAO, Wenbin QIAN

DOI: 10.1631/jzus.B2300941 Downloaded: 737 Clicked: 891 Cited: 0 Commented: 0(p.493-502) <Full Text> <PPT > 36

Chinese summary <16> 血管内大B细胞淋巴瘤患者未被满足的需求：3例报告及文献复习

李娴^1*，罗茹^2*，徐佳鸣³，金雪立¹，王炜琴¹，肖希斌¹，钱文斌¹
¹浙江大学医学院附属第二医院血液内科，中国杭州市，310009
²浙江大学医学院附属第二医院病理科，中国杭州市，310009
³浙江大学医学院附属第二医院神经外科，中国杭州市，310009
摘要：血管内大B细胞淋巴瘤（IVLBCL）是一种具有高度侵袭性的恶性非霍奇金淋巴瘤，作为结外弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的一种罕见亚型，其特征是小血管腔内的淋巴细胞增殖。IVLBCL早期诊断困难，预后极差。本文介绍了3例IVLBCL患者，分别描述了患者的临床特征和病理特征。所述患者均接受了免疫化疗联合大剂量甲氨蝶呤和布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂的综合方案，但疗效有限，仅一名患者获得了良好和持久的反应。本研究回顾了相关文献并进行总结，以进一步识别IVLBCL早期诊断的临床病理特征，并基于分子遗传特征和临床亚型对IVLBCL进行了精确的预后分层，讨论了联合靶向免疫药物的治疗新策略。目前临床上IVLBCL患者的诊断及治疗需求远未被满足，因此我们需要开展更多研究，增加该疾病早期诊断和治疗的可能性，以提高患者生存率。

关键词组：血管内大B细胞淋巴瘤（IVLBCL）；临床病理特征；分子遗传学特征；治疗策略