Journal of Zhejiang University

Current Issue: <JZUS-B>

Journal of Zhejiang University-SCIENCE B (Biomedicine & Biotechnology)

ISSNs 1673-1581 (Print); 1862-1783 (Online); CN 33-1356/Q; started in 2005, Monthly.

JZUS-B is an international "Biomedicine & Biotechnology" reviewed-Journal indexed by SCI-E, MEDLINE, PMC, BA, BIOSIS Previews, JST, ZR, CA, SA, AJ, ZM, CABI, CSA, etc., and supported by the National Natural Science Foundation of China. It mainly covers research in Biomedicine, Biochemistry and Biotechnology, etc.

Impact factor: 1.099 (2011), 1.108 (2012), 1.293 (2013), 1.278 (2014), 1.303 (2015), 1.676 (2016), 1.815 (2017), 1.879 (2018), 2.082 (2019), 3.066 (2020).

Journal of Zhejiang University SCIENCE B

ISSN 1673-1581(Print), 1862-1783(Online), Monthly

2022 Vol.23 No.5 P.353-436

Cover:

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Contents:

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CONTENTS

Review

Review: Therapeutic potential of traditional Chinese medicine for vascular endothelial growth factor

Yijia MAO, Lingkai MENG, Huayi LIU, Yuting LU, Kuo YANG, Guangze OUYANG, Yanran BAN, Shuang CHEN

DOI: 10.1631/jzus.B2101055 Downloaded: 244 Clicked: 242 Cited: 0 Commented: 0(p.353-364) <Full Text> <PPT > 3

Chinese summary <2> 中药对血管内皮生长因子的治疗潜力

概要：血管内皮生长因子是胚胎发育、骨骼生长、生殖功能等过程中生理性血管生成的共同调节因子，同时也参与一系列的病理变化。中医有2000多年的历史，在临床上得到了广泛的应用，但对中医机制的探索才刚刚开始。本文总结了近年来中医药干预血管内皮生长因子的相关研究，发现许多中药和方剂对血管内皮生长因子具有调节作用，说明中医药作为补充和替代疗法具有广阔的前景，为临床提供新的治疗思路，并为中医药的机制研究提供理论依据。

关键词组：血管内皮生长因子；血管内皮生长因子受体；中医药

Research Articles

Physicochemical properties, molecular structure, antioxidant activity, and biological function of extracellular melanin from Ascosphaera apis

Zhi LI, Hui HENG, Qiqian QIN, Lanchun CHEN, Yuedi WANG, Zeyang ZHOU

DOI: 10.1631/jzus.B2100718 Downloaded: 216 Clicked: 264 Cited: 0 Commented: 0(p.365-381) <Full Text> <PPT > 3

Chinese summary <2> 病原真菌球囊菌产细胞外黑色素的理化性质、分子结构、抗氧化活性和生物学功能研究

目的：提取和纯化球囊菌黑色素，并系统研究其理化性质、分子结构、抗氧化活性和生物学功能，为病原真菌黑色素的鉴定提供完整的流程标准，同时为后续研究该黑色素在球囊菌感染蜜蜂中的作用提供参考。
创新点：首次提取和鉴定球囊菌黑色素，并建立了一套系统的鉴定真菌黑色素的流程。
方法：通过酸水解结合碱熔解法提取和纯化黑色素，并综合采用紫外-可见光谱、红外光谱、拉曼光谱、气相色谱、核磁共振技术、扫描电子和透射电镜、自由基清除等分析法，系统、全面地研究黑色素的溶解度、颜色值、元素组成、化学结构、生物活性、亚细胞定位和抗氧化活性。同时，采用三环唑抑制黑色素的合成研究黑色素与孢子感染能力之间的关系。
结论：球囊菌黑色素属于真黑色素，定位于孢子壁，具有抗氧化活性，且能螯合金属离子，但是它不能增强孢子毒力。

关键词组：黑色素；分子结构；抗氧化活性；亚细胞定位；球囊菌

Can SpRY recognize any PAM in human cells?

Jinbin YE, Haitao XI, Yilu CHEN, Qishu CHEN, Xiaosheng LU, Jineng LV, Yamin CHEN, Feng GU, Junzhao ZHAO

DOI: 10.1631/jzus.B2100710 Downloaded: 159 Clicked: 192 Cited: 0 Commented: 0(p.382-391) <Full Text> <PPT > 4

Chinese summary <2> SpRY能识别人类细胞中前间区序列邻近基序吗？

目的：确定SpCas9突变体（SpRY）可以识别人类细胞中的前间区序列邻近基序（PAM），为SpRY在基因编辑中的应用提供参考。
创新点：利用可视序列切除定义PAM（PAM Definition by Observable Sequence Excision，PAM-DOSE）和绿色荧光报告系统这两种不同方法，确定了SpRY在人类细胞中介导有效切割时对PAM的要求。
方法：通过在PAM-DOSE法确定SpRY的PAM偏好性，并通过绿色荧光报告系统测试SpRY识别的PAM，同时总结SpRY在人类细胞中可被识别的PAM序列。
结论：5’-NRN-3’、5’-NTA-3’和5’-NCK-3’作为SpRY主要识别的PAMs，同时5’-NCA-3’和5’-NTK-3’可作为SpRY的次选PAM，且不推荐使用5’-NYC-3’。

关键词组：CRISPR/Cas；SpRY；前间区序列邻近基序（PAM）；识别

Romidepsin (FK228) improves the survival of allogeneic skin grafts through downregulating the production of donor-specific antibody via suppressing the IRE1α-XBP1 pathway

Yuliang GUO, Siyu SONG, Xiaoxiao DU, Li TIAN, Man ZHANG, Hongmin ZHOU, Zhonghua Klaus CHEN, Sheng CHANG

DOI: 10.1631/jzus.B2100780 Downloaded: 260 Clicked: 470 Cited: 0 Commented: 0(p.392-406) <Full Text> <PPT > 4

Chinese summary <2> FK228通过抑制IRE1α-XBP1通路减少供者特异性抗体的产生改善同种异体皮肤移植物的存活

目的：探究组蛋白去乙酰化酶（HDAC）抑制剂FK228在体内和体外B细胞抗体产生过程中的生物学作用及其机制。
创新点：首次对FK228在二次同种异体皮肤移植模型中免疫调节作用进行研究，并初步解析了相关作用机制。
方法：通过建立同种异体小鼠二次皮肤移植模型，以研究FK228对供者特异性抗体（DSA）的影响。每天监测移植皮肤的存活。通过流式细胞术评估受体血清中DSA水平和脾脏中免疫细胞的数量。然后，我们通过磁珠分选在体外从B6小鼠脾脏中分离纯化B细胞，在白细胞介素4（IL-4）和抗CD40共同刺激下培养B细胞，观察FK228的作用。通过酶联免疫吸附测定（ELISA）评估上清液中的IgG1和IgM水平。进行定量逆转录-聚合酶链反应（RT-qPCR）和蛋白质印迹以确定培养细胞和受体脾脏中浆细胞关键mRNA表达和IRE1α-XBP1通路蛋白质的相应水平。
结论：FK228处理后可减少二次皮肤移植模型和B细胞体外培养过程中抗体的产生，并可改善同种异体皮肤移植物的存活。具体作用机制为FK228通过作用于HDAC1和HDAC2，上调组蛋白H2A和H3的乙酰化水平，进而抑制抗体合成过程中的IRE1α-XBP1通路。研究结果为临床上治疗AMR和延长移植器官的长期存活提供了新的思路。

关键词组：皮肤移植；FK228；供者特异性抗体；未折叠蛋白反应

Proteomic characterization of four subtypes of M2 macrophages derived from human THP-1 cells

Pengfei LI, Chen MA, Jing LI, Shanshan YOU, Liuyi DANG, Jingyu WU, Zhifang HAO, Jun LI, Yuan ZHI, Lin CHEN, Shisheng SUN

DOI: 10.1631/jzus.B2100930 Downloaded: 171 Clicked: 207 Cited: 0 Commented: 0(p.407-422) <Full Text> <PPT > 3

Chinese summary <2> 人THP-1来源的四种M2巨噬细胞亚型的蛋白质组学特征

目的：探究THP-1来源的四种M2巨噬细胞亚型的蛋白质组学特征，为进一步区分M2亚型以及使用THP-1来源的巨噬细胞作为临床前研究的细胞模型提供数据基础。
创新点：首次系统性地对四种M2巨噬细胞亚型的蛋白质组进行了分析，并提供潜在的候选标志物用于不同M2亚型的鉴定，为巨噬细胞的可塑性、相关疾病以及免疫机制等方面的研究提供参考。
方法：在体外诱导THP-1单核细胞分化为M0、M1、M2a、M2b、M2c和M2d巨噬细胞，并利用基于质谱的无标记定量技术揭示了其蛋白质组学特征。结合数据库与生物信息学分析四种M2亚型共同或特异的生物学功能及疾病关联。此外，通过靶向蛋白质组学技术分析了四种M2巨噬细胞亚型中共同或特异上调的蛋白。
结论：本研究首次揭示了THP-1衍生的四种M2巨噬细胞亚型的蛋白质组学特征。不仅验证了几个已知的巨噬细胞标记物，也提供了一份新的候选标记物列表，用于识别M2a、M2b、M2c和M2d巨噬细胞。一个主要发现是M2a和M2c以及M2b和M2d的蛋白表达谱非常相似。本研究的数据为未来研究巨噬细胞相关疾病的免疫调节机制以及使用THP-1来源的巨噬细胞模型进行临床前研究提供了宝贵的资源。

关键词组：巨噬细胞；THP-1细胞；M2亚型；蛋白质组学；生物学功能

Correspondence

Correspondence: HucMSC-Ex alleviates inflammatory bowel disease via the lnc78583-mediated miR3202/HOXB13 pathway

Yuting XU, Li ZHANG, Dickson Kofi Wiredu OCANSEY, Bo WANG, Yilin HOU, Rong MEI, Yongmin YAN, Xu ZHANG, Zhaoyang ZHANG, Fei MAO

DOI: 10.1631/jzus.B2100793 Downloaded: 226 Clicked: 254 Cited: 0 Commented: 0(p.423-431) <Full Text> <PPT > 4

Chinese summary <2> HucMSC-Ex通过调控lnc78583介导的miR3202/HOXB13通路缓解炎症性肠病

概要：炎症性肠病（IBD）是一组慢性、复发性肠道炎症，主要包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）。IBD的发病机制很复杂，其潜在机制仍不清楚。近年来，人们对长链非编码RNA（lncRNA）进行了研究，并将其确定为IBD的潜在生物标志物。在本研究中，通过使用高通量RNA测序筛选出一种新的lncRNA-lnc78583。前期荧光定量聚合酶链式反应（qRT-PCR）分析结果表明，lnc78583和同源框B13（HOXB13）的mRNA表达水平在IBD患者和炎症状态下的人结直肠黏膜上皮细胞（FHC）中显著降低。为了探索lnc78583在肠道炎症环境中的作用机制，我们通过对FHC进行lnc78583过表达处理，发现不仅增加了HOXB13和IL-10的表达，而且增强了细胞活力，降低了LDH的释放和p-NF-κB的激活。随后，我们用人脐带间充质干细胞来源的外泌体（hucMSC-Ex）处理FHC，结果表明其上调了lnc78583和HOXB13的表达。此外，进一步预测到miR3202在FHC中和lnc78583以及HOXB13呈负相关作用。lnc78583的过表达下调miR3202，而miR3202模拟物显着降低HOXB13的表达水平。综上，我们的研究初步证明hucMSC-Ex通过lnc78583介导的miR3202/HOXB13通路调节IBD的炎症进程，从而为IBD提供新的诊断方案和治疗策略。

关键词组：炎症性肠病；长链非编码RNA（lncRNA）；HOXB13；miR3202；间充质干细胞；外泌体

Correspondence: Prediction of birth weight in pregnancy with gestational diabetes mellitus using an artificial neural network

Menglin ZHOU, Jiansheng JI, Ni XIE, Danqing CHEN

DOI: 10.1631/jzus.B2100753 Downloaded: 201 Clicked: 221 Cited: 0 Commented: 0(p.432-436) <Full Text> <PPT > 3

Chinese summary <2> 应用人工神经网络预测妊娠期糖尿病新生儿出生体重

目的：建立一个预测妊娠期糖尿病新生儿出生体重的人工神经网络模型，并评估其预测的准确性。
创新点：妊娠期糖尿病新生儿出生体重的预测十分重要，但目前预测精度欠佳。本研究利用大样本量的临床数据，突破传统统计学方法，应用机器学习建立了一个基于人工神经网络的预测模型，其预测精度较传统方法有明显提升。
方法：收集2462名妊娠期糖尿病孕妇的临床数据，其中80%的数据用于构建一个前馈神经网络模型，并用反向传播算法和10折交叉验证法训练和优化；剩余20%的数据用于验证最终模型的性能，并将其与传统方法进行比较。
结论：本研究构建的人工神经网络模型对妊娠期糖尿病新生儿出生体重具有较高的预测精度，其预测能力优于传统方法，不足之处则在于其仍有可能会低估高出生体重。

关键词组：妊娠期糖尿病；出生体重；预测；人工神经网络